Enne teraviljatöötlemisliini puhastamist tuleb tööohutuse tagamiseks seadme toide välja lülitada ja transpordisüsteem lahti ühendada. Põhikomponentide-nagu punkrid, konveierilindid, purustid ja sõelumismasinad- tuleks pindadelt terade jääkosakeste ja tolmu eemaldamiseks esmalt kasutada pintsleid või kaabitsaid ning seejärel pühkida seadme pindu sooja vee või pehme pesuvahendiga. Raskesti demonteeritavate komponentide puhul võib sügavale sissetunginud tolmu ja rasva eemaldamiseks kasutada kõrgsurveõhupüstoleid või aurupuhastusseadmeid. Puhastusprotsessi käigus tuleb tähelepanu pöörata iga komponendi materjali koostisele; tuleks vältida tööriistu ja keemilisi aineid, mis võivad põhjustada korrosiooni või hõõrdumist. Lisaks on oluline tagada, et kõik puhastusvahendid loputatakse põhjalikult ära, et jäägid ei kahjustaks järgneva teravilja töötlemise ohutust ja kvaliteeti.
Töötlemisliini tühjendusporte, torustikke ja säilitusmahuteid tuleks regulaarselt sügavuti puhastada. Torujuhtmete sisemusse võib koguneda tolm ja peenosakesed; kui seda ei puhastata kohe, võib see põhjustada hallituse kasvu või kahjurite nakatumist. Nende alade puhastamisel tuleks esmalt eemaldada eemaldatavad osad, et sisemust saaks puhastada pehme-harjastega harjaga, seejärel loputada sooja veega. Vajadusel tuleks komponentide desinfitseerimiseks kasutada toidu -desinfektsioonivahendit.
Pärast puhastusprotsessi lõppu tuleb kõik komponendid põhjalikult kuivatada. Lisaks tuleks kontrollida konveierilinde, kette ja tihendeid, et veenduda nende heas seisukorras ning vajadusel teostada hooldust või väljavahetamist. Kogu puhastusprotseduur tuleks kehtestada standardse tööprotokollina ja säilitada tuleb üksikasjalik puhastusdokument. See tagab töötlemisliini ohutu ja hügieenilise oleku enne iga tootmist, tagades nii teravilja töötlemise kvaliteedi kui ka toiduohutuse.
